2010 年環境保護部聯合其他四部門印發《全國城市飲用水水源地環境保護規劃（2008-2020 年）》，指導各地開展飲用水水源地環境保護和污染防治工作，進一步改善我國城市集中式飲用水水源地環境質量，提升水源地環境管理和水質安全保障水平。
自 2016 年 3 月出臺《集中式飲用水水源地環境保護狀況評估技術規范》及《集中式飲用水水源地環境保護狀況保護技術要求》后，環境保護部在長江經濟帶開展飲用水水源地環境保護執法專項行動，不斷加大督辦力度，督促有關地方人民政府加快飲用水水源保護區內環境問題清理整治進度。2018 年，為打好水源地保護攻堅戰的決策部署，深入推進飲用水水源地環境問題整治工作，生態環境部進一步強化飲用水水源地環境問題整治要求。2022 年和 2024 年分別出臺《集中式地表水飲用水水源地風險源遙感調查技術規范》和《飲用水水源地生態環境保護執法監管遙感調查技術規范》，為環境污染防治和生態環境質量改善提供規范和指導。
二、飲用水水源地保護工作路線
（引自集中式飲用水水源環境保護指南）
根據《飲用水水源保護區劃分技術規范》（HJ/T338），集中飲用水水源應劃分分一級保護區和二級保護區，必要時劃分準保護區。分散式飲用水水源，可以根據市級需要劃定保護區域，并參照集中式飲用水水源保護區的規定管理。
3.畜禽養殖、旅游、游泳、垂釣、采砂、清洗衣物或者其他可能污染飲用水水體的活動；
4.法律、法規和地表水飲用水水源二級保護區禁止的其他行為。
7.法律、法規和地表水飲用水水源準保護區禁止的其他行為。
1.設置工業企業、集中式污水處理廠或者規模化養殖場的排污口；
2.新建、擴建對水體污染嚴重的建設項目，改建增加排污量的建設項目；
3.設置化工原料、礦物油類及有毒有害礦產品的貯存場所；
4.堆放、傾倒或者填埋粉煤灰、工業廢棄物、生活垃圾、醫療廢棄物、放射性物品等固體廢物，或者設置相關的堆放場所和轉運場所；
5.在水體清洗裝貯過油類或者有毒有害污染物的車輛、容器；
6.向水體排放含重金屬、病原體、油類、酸堿類污水、放射性廢水等有毒有害物質；
7.可能嚴重影響飲用水水源水質的礦產勘查、開采活動；
一級保護區內應實施封閉式管理。按照《水污染防治法》有關要求，一級保護區內不得有與取水設施和保護水源無關的建設項目及其他禁止行為。
主要治理措施有：建筑物清拆、排污口關閉、人口搬遷、規模化畜禽養殖場和集約化農作物種植及垃圾堆放場搬遷等。
一級保護區周圍應建設隔離防護設施，主要有兩種形式：一是采用圍網或圍欄進行保護的物理隔離；二是選擇適宜樹木種類建設防護林的生物隔離。工程措施包括建設圍欄、圍網，種植生態防護林，設立水源保護區標志以及取水口污染防治設施等。
二級保護區以近期清查、拆除違規污染源，遠期預防為原則進行整治。按照《水污染防治法》有關要求，二級保護區禁止新建、改建和擴建排放污染物的建設項目；已建成排放污染物的建設項目，由縣級以上人民政府責令拆除或關閉。
主要治理措施有：拆除現有點源、搬遷保護區內人口、控制畜禽養殖和集約化農作物種植、建設隔離防護設施。針對面源污染防治工程應堅持系統、循環、平衡的生態學原則，與生態修復工程相結合，著重從源頭控制污染負荷，進一步保障水質。
按照《水污染防治法》有關要求，禁止在飲用水水源準保護區內新建、擴建對水體污染嚴重的建設項目；改建建設項目，不得增加排污量。
河流型飲用水水源污染防治工作注重流域尺度，嚴格實施容量總量控制，堅決取締保護區內排污口，嚴防種植業和養殖業污染水源，禁止有毒有害物質進入保護區，強化水污染事故的預防和應急處理等。主要防治措施包括以下內容：
（1） 從流域尺度保護水源，實現保護區上游水水質達標；
（3） 禁止或限制航運、水上娛樂設施、公路鐵路等流動污染源；
湖庫型飲用水水源整治工作應更加強調藍藻水華整治。湖庫型飲用水水源根據藻類種類嚴格控制氮磷總量，發生藻類水華時，及時啟動藻類水華應急工作，分析水華發生原因，根據水華發生的不同特征，研究制定控制方案。除了河流型水源措施外，其他主要整治措施應包括以下內容：
（1） 嚴格控制入湖（庫）河流水質，實現清水入湖；
重點圍繞地下水污染源、污染羽和污染途徑進行地下水污染整治工作。主要整治措施包括以下內容：
（1） 取締通過滲井、滲坑或巖溶通道等渠道排放污染物；
（3） 改造化糞池及農村廁所，建設防滲設施；（4） 取締污水灌溉，控制農田過度施肥施藥；
（7） 建設控制、阻隔措施，防止受污染的地下水影響下游水源；
（8） 針對不同的污染物類型，采用綠色的地下水環境修復技術。
依據飲用水水源保護的有關法律法規，對工業污染源實施最嚴格整治措施。
一級保護區內，堅決關閉和取締工業污染源，拆除所有違法建設項目；關閉和取締勘探、開采礦產資源、堆放工業固體廢棄物及其它有毒有害物品。二級保護區內，關閉和取締排放污染物的工業污染源，對于在水源保護區或其周圍已經存在的工業污染源，由地方政府制定計劃，分期予以拆除或者關閉。
對于暫時不能關閉的工業污染源，應采取嚴格的防控措施嚴禁在水源保護區內排污，實現廢水零排放，或將排污口改建到水源下游。
水源保護區上游（補給徑流區內）的工業污染源應合理布局。嚴格整治化工、造紙等高污染建設項目；禁止向該區域河流、溝渠排放未經處理或雖經處理但不達標的工業廢水；工業固體廢棄物應及時運至保護區以外處理。
地方政府根據實際情況出臺人口搬遷補貼及優惠政策，制定搬遷計劃，逐步地遷出水源一、二級保護區內城鎮及農村人口。
若因強制搬遷產生嚴重社會影響的，應加強城鎮及農村生活污染源防滲排污管道的鋪設和管理，提高再生水回用和深度處理能力，統一收集污水送至水源下游集中處理達標后排放。
優先考慮退耕還林、還濕，實行生態補償政策。一級保護區禁止從事種植、放牧、網箱養殖等污染水體的活動。二級保護區禁止集約化農作物種植，占用耕地的部分建議發展有機農業；準保護區應建設生態緩沖帶，農作物種植面積應嚴格控制，選用低毒農藥和緩釋肥，推廣測土配方施肥技術。
飲用水水源保護區內禁止規模化畜禽養殖。保護區內的分散式畜禽養殖圈舍應盡量遠離取水口，應配備糞便、污水污染防治設施，禁止向水體直接傾倒畜禽糞便和污水。對于保護區以外可能對水源產生影響的畜禽養殖場和養殖小區，應參考《畜禽養殖業污染防治技術規范》（HJ/T 81）采取相應的污染防治措施，鼓勵種養結合和生態養殖，推動畜禽養殖業污染物的減量化、無害化和資源化處置。
飲用水水源保護區內不得修建滲水的廁所、化糞池和滲水坑，現有公共設施應進行污水防滲處理，取水口（井）應盡量遠離這些設施。飲用水水源保護區周邊生活污水應避免污染水源，根據生活污水排放現狀與 特點、農村區域經濟與社會條件，按照《農村生活污染防治技術政策》（環發〔2010〕20 號）及有關要求，盡可能選取依托當地資源優勢和已建環境基礎設施、操作簡便、運行維護費用低、輻射帶動范圍廣的污水處理模式。農村生活污水按照分區進行污水管網建設并收，以稍大的村莊或鄰近村莊的 聯合為宜，每個區域污水單獨處理。污水分片收集后，采用適宜的中小型污水處理設備、人工濕地或氧化塘等形式處理村莊污水。
飲用水水源保護區內禁止設立糞便、生活垃圾的收集、轉運站，禁止堆放醫療垃圾，禁止設立有毒、有害化學物品倉庫。飲用水水源保護區內廁所達到國家衛生廁所標準，與飲用水水源保持必要的安全衛生距離。水源保護區以外的糞便應實現無害化處理，防止污染水源。對無害化衛生廁所的糞便無害化處理效果進行抽樣檢測，糞大腸菌、蛔蟲卵應符合現行國家標準《糞便無害化衛生標準》（GB7959）的規定。
當飲用水水源發生藻類水華時，優先考慮更換水源，無可替換水源時再啟動藻類水華控制工作。針對湖庫型飲用水水源的水華主要發生區域，分析其水文、水化學特征、營養負荷特征，以不同水華發生特征為基礎，制定水華控制方案。
針對湖庫型水源，利用竹子或可降解的泡沫塑料板等做成的、能漂浮在水面上且可承受一定質量的浮床上種植植物，讓根系伸入水中吸收水分、氮、磷以及其他營養元素來滿足植物生長需要，通過收獲植物而把污水中的氮、磷等污染物去除。目前已用于或可用于人工生物浮床凈化水體的植物主要有：美人蕉、蘆葦、荻、多花黑麥草、稗草等。
生態型護坡以保護、創造生物良好的生存環境和自然景觀為前提，在保證護岸具有一定強度、安全性和耐久性的同時，兼顧工程的環境效應和生物效應，以達到一種水體和土體、水體和生物相互涵養，適合生物生長的仿自然狀態。改變傳統河坡直立式結構形式，放緩河坡，在近岸帶種植根系發達的植物，依靠植物固結土壤，防止岸坡淘刷，維護岸坡穩定性，為水中生物提供棲息地和活動的場所，起到保護、恢復自然環境的效果，物種選取黑麥草、兩耳草、高羊茅草等。
對不同粒徑的清淤物泥沙，按其用途的不同進行綜合利用處理。細顆粒泥沙是一些營養物質和一些有機質的載體，是建造肥沃良田的優質原料；其他泥沙可用于工程建筑材料和填溝造田，可使水庫泥沙淤積治理產生綜合效益，降低挖沙成本；對于未經處理的和不能進行綜合利用的清淤物應堆放到安全地帶，要防止清淤物再次流入庫區和對環境造成污染。
當地下水型飲用水水源發生污染時，優先考慮更換水源，無可替換水源時再啟動地下水環境修復工作。
水動力控制修復技術是建立井群控制系統，通過人工抽取地下水或向含水層內注水的方式，改變地下水原來的水力梯度，進而將受污染的地下水體與未受污染的清潔水體隔開。井群的布置可以根據當地的具體水文地質條件確定。
流線控制法設有一個抽水廊道、一個抽油廊道、兩個注水廊道。首先從上面的抽水廊道中抽取地下水，然后把抽出的地下水注入相鄰的注水廊道內，以確保最大限度地保持水力梯度。同時，在抽油廊道中抽取污染物質，但要注意抽油速度不能高，但要略大于抽水速度。
屏蔽法是在地下建立各種物理屏障，將受污染水體圈閉起來，以防止污染物進一步擴散蔓延。常用的灰漿帷幕法是用壓力向地下灌注灰漿，在受污染水體周圍形成一道帷幕，從而將受污染水體圈閉起來。
被動收集法是在地下水流的下游挖一條足夠深的溝道，在溝內布置收集系統，將水面漂浮的污染物質如油類污染物等收集起來，或將所有受污染的地下水收集起來以便處理的一種方法。
地下水曝氣技術應用于處理地下水中的揮發性有機物。將干凈的空氣注入受污染的含水層中，使地下水中的揮發性有機物經由傳質作用，轉移到氣相中，而借浮力上升的氣體被收集，進行凈化處理。
謹慎使用采用加藥法修復地下水，確保水質污染在可控范圍之內，避免污染水源。加藥法是通過井群系統向受污染水體灌注化學藥劑，如灌注中和劑以中和酸性或堿性滲濾液，添加氧化劑降解有機物或使無機化合物形成沉淀等。
電化學動力修復技術將電極插入受污染的地下水及土壤區域，通直流電后，在此區域形成電場。在電場的作用下水中的離子和顆粒物質沿電力場方向定向移動，遷移至設定的處理區進行集中處理；同時在電極表面發生電解反應，陽極電解產生氫氣和氫氧根離子，陰極電解產生氫離子和氧氣。
抽出處理法是當前應用很普遍的一種方法，可根據污染物類型和處理費用來選用，大致可分為：物理法（包括吸附法、重力分離法、過濾法、反滲透法、氣提法、空氣吹脫法和焚燒法等）、化學法（包括混凝沉淀法、氧化還原法、離子交換法和中和法等）和生物法（包括活性污泥法、生物膜法、生物反應器法、厭氧消化法和土壤處置法等）。
在污染水體下游挖溝至含水層底部基巖層或不透水粘土層，然后在溝內填充與污染物反應的透水性介質，受污染地下水流入溝內與介質發生反應，生成無害化產物或沉淀物。常用的填充介質有：灰巖用以中和酸性地下水或去除重金屬；活性炭用以去除非極性污染物；沸石和合成離子交換樹脂用以去除溶解態重金屬等。該法主要適用于較薄、較淺含水層，一般用于填埋滲濾液的無害化處理。
監測自然衰減技術是基于污染場地自身理化條件和污染物自然衰減能力進行污染修復，從而達到降低污染物濃度、毒性及遷移性等目的。監測自然衰減是一種被動修復技術，其機制由于土壤顆粒的吸附，使一些污染物不會遷移到場地以外，微生物降解是污染物分解的重要作用，稀釋和彌散雖不能分解污染物，但也可以有效地降低場地的污染風險。監測自然衰減技術適用于含氯有機溶劑、燃料、金屬、放射性核素和爆炸物等各種污染物。
